Počiatky súčasnej pobočky Archívu SNM v SNM-Múzeách v Martine súvisia so vznikom Archívu SNM vôbec. Siahajú do obdobia vzniku prvých národných inštitúcií – Matice slovenskej, Muzeálnej slovenskej spoločnosti a Slovenského národného múzea v Turčianskom Sv. Martine. 

Správa Muzeálnej slovenskej spoločnosti zriadila 1. júna 1929 samostatné archívne pracovisko v Slovenskom národnom múzeu v Martine a do svojich služieb prijala archivárku Dr. Máriu Jeršovú-Opočenskú (1899 – 1978). Záujem o využívanie archívnych dokumentov bádateľmi bol aj pred nástupom M. Jeršovej na post archivárky. M. Jeršová sa významnou mierou zaslúžila o vytváranie archívneho, ale aj múzejného bohatstva na Slovensku. Tridsať rokov budovala táto erudovaná archivárka fondy Archívu SNM v Turčianskom Sv. Martine a sprístupňovala ich bádateľom prostredníctvom prvých tlačených archívnych pomôcok. M. Jeršová je jednou zo zakladateľských osobností moderného slovenského archívnictva. 

Po jej odchode do dôchodku pričlenili archív ku knižnici. Zostávajúci materiál bol rozčlenený na registratúru Muzeálnej slovenskej spoločnosti (MSS) a Slovenského národného múzea, archív MSS, národopisný a folkloristický materiál z Matice slovenskej, výskumné a cestovné správy. So systemizovaným miestom archivára sa nepočítalo. 

V 60. rokoch 20. storočia sa vystriedalo niekoľko pracovníkov. Archívne fondy a zbierky sa začali opäť systematicky doplňovať až v roku 1977, archív získal v tomto období napríklad: pozostalosti významných osobností, ako Martina Benku, Márie Jeršovej a jej manžela V. J. Jeršova, Jána Geryka, Andreja Polonca, Anny Horákovej-Gašparíkovej a iné dokumenty k národopisným zbierkam múzea. Po roku 1990 sa v martinskom archívnom pracovisku vystriedalo niekoľko archivárov, do roku 2008 sa vykonávali len základné služby bádateľom. 

V súčasnosti pobočka Archívu SNM v SNM-Múzeách v Martine zabezpečuje všetky archívne činnosti. Jej archívny fond tvoria základné fondy k dejinám slovenského múzejníctva, ako fond Muzeálnej slovenskej spoločnosti (1890 – 1962) a SNM, ale aj ženského spolku Živena (1900 – 1930), osobné fondy významných osobností, akými boli napríklad Andrej Kmeť (1860 – 1908), Ján Geryk (1892 – 1978), Pavol Križko (1857), Karol Plicka (1878 – 1987), Andrej Polonec (1906 – 1984), Pavol Socháň (1879 – 1941), Václav Vraný (1899 – 1920), Martin Benka (1908 – 1971), Ivan a Marína Oľga Horváthovci (1903 – 1939), Mária Jeršová--Opočenská a Vladimír Jonovič Jeršov (1894 – 1978), Jiří Horák a Anna Horáková-Gašparíková (1896 – 1987) a iní. Za zmienku stoja aj zbierky rukopisov (1662 – 1881) a hudobnín z 18. až 20. storočia, máp a plánov z rokov 1863 – 1900, zbierka plagátov z 19. a 20. storočia, zbierka dotazníkov k ľudovým zvykom a tradíciám (1930 – 1975) a ďalšie. Významnou je aj technická a projektová dokumentácia hmotných pamiatok ľudovej architektúry z celého Slovenska a vytvorenie múzea v prírode – Múzea slovenskej dediny v Jahodníckych hájoch. 

Múzeá pôsobiace v Martine sa spojili do jedného celku a od 1. januára 2007 používajú názov SNM-Múzeá v Martine. Ich súčasťou sú ďalšie múzeá - Múzeum Andreja Kmeťa, ktoré sa dnes zameriava na históriu a prírodovedu regiónu Turiec, Múzeum Martina Benku, Múzeum Karola Plicku, a novodobé národnostné múzeá – Múzeum kultúry Čechov na Slovensku a Múzeum kultúry Rómov na Slovensku. 

Archívne fondy a zbierky martinskej pobočky sú uložené v sídelnej budove SNM-Múzeá v Martine na Malej Hore č. 2 v Martine.