Počiatky Knižnice SNM v Bratislave môžeme datovať do roku 1923, kedy v rámci Slovenského vlastivedného múzea v Bratislave bola zriadená i odborná knižnica a archív. V roku 1924 vzniklo v Bratislave aj Zemedelské múzeum, ktoré malo tiež zriadenú múzejnú knižnicu, a od roku 1927 bolo jeho súčasťou aj Lesnícke a lovecké múzeum s vlastnou knižnicou. Všetky tri bratislavské múzeá začali naplno rozvíjať odborné činnosti a budovať knižničné fondy až od roku 1928 v novopostavenej účelovej budove Zemedelského múzea na Vajanského nábreží. V roku 1940 boli všetky tri múzeá zlúčené do jedného ústavu s názvom Slovenské múzeum v Bratislave a tým sa zlúčili aj ich knižničné fondy. Múzejná knižnica vtedy ešte nemala profesionálneho knihovníka, takže všetky knihy boli zapisované do prírastkových zoznamov spolu so zbierkovými predmetmi a archívnymi dokumentmi.

Až v roku 1956 získala knižnica systemizované miesto knihovníka. Odvtedy sa knižničné fondy začali evidovať v samostatných prírastkových zoznamoch podľa knižničných pravidiel. Zriadil sa menný a systematický katalóg. Po vyčlenení múzejných zbierok poľnohospodárskeho, lesníckeho, poľovníckeho a technického charakteru sa delimitovali aj publikácie takéhoto zamerania do samostatných špecializovaných múzeí v Nitre, Zvolene a Košiciach. Knižničný fond Slovenského múzea v Bratislave mal v roku 1956 po delimitáciách približne 6 650 knižničných jednotiek.

Slovenské múzeum v Bratislave sa v roku 1961 na základe zákona zlúčilo so Slovenským národným múzeum v Martine do súčasného Slovenského národného múzea so sídlom v Bratislave. Krátko na to sa múzejná knižnica premiestnila do zrekonštruovaných priestorov Bratislavského hradu a v sídelnej budove Slovenského národného múzea na Vajanského nábreží zostalo najmä dnešné Prírodovedné múzeum.

Tesne pred vznikom Slovenskej republiky v roku 1993 bola knižnica z hradných priestorov, aj kvôli plánovanému sídlu prezidenta na Bratislavskom hrade, presťahovaná opäť do sídelnej budovy na Vajanského nábreží, kde o dva roky neskôr v roku 1995 boli slávnostne otvorené nové priestory knižnice na treťom poschodí. Knižnica mala vtedy takmer 77 000 knižničných jednotiek. Knižnica SNM v týchto priestoroch funguje dodnes a zariadenie pripomína štýlom medzivojnové obdobie, kedy bola postavená budova vtedajšieho Zemedelského múzea v Bratislave.