Témou expozície Múzea holokaustu je tragické riešenie židovskej otázky na Slovensku počas druhej svetovej vojny. V múzeu sú vystavené dobové dokumenty, fotografie a predmety týkajúce sa prenasledovania Židov na území Slovenska.

Expozíciu pripravovali od roku 2010 hlavný kurátor, autor libreta a scenára prof. PhDr. Pavol Mešťan, DrSc. a výtvarník Milan Veselý. Od roku 2015 sa autorský kolektív rozšíril o interných pracovníkov Múzea židovskej kultúry (PhDr. Stanislava Šikulová; Mgr. Eva Poláková, PhD.; Mgr. Andrea Demeterová, Mgr. Jana Schreiberová; Mgr. Kristína Dublanová a ďalší).

Jej obsahová stránka bola konzultovaná s poprednými slovenskými historikmi, odborníkmi z Izraela a pamätníkmi, ktorí prešli pracovným a koncentračným táborom v Seredi, resp. prežili hrôzy holokaustu.

Výtvarno-priestorový návrh a realizácia expozície: N&Vdesign, s. r. o. pod vedením Milana Veselého a Niny Cohen-Veselej.

• Barak č. 1

Múzeum bolo sprístupnené verejnosti 26. 1. 2016 úvodnou a všeobecnou časťou expozície, ktorá je venovaná dejinám holokaustu na Slovensku, antisemitizmu v spoločnosti, prvým protižidovským nariadeniam, deportáciám, Slovenskému národnému povstaniu a účasti Židov v ňom, holokaustu na južnom Slovensku. V budove je umiestnená tiež pokladňa a výučbový premietací priestor.
• V exteriéri medzi barakmi č. 1 a 2 sa nachádza zreštaurovaný autentický deportačný vagón s pôvodnými nápismi, ktoré v ňom zanechali Židia deportovaní do koncentračného tábora Auschwitz. Plní funkciu pietneho miesta.

• Barak č. 5
Viacúčelový objekt bol stavebne ukončený v roku 2015. Návštevníci si v ňom môžu od roku 2016 prezrieť aktuálne výstavy a zúčastniť sa vzdelávacích podujatí v prednáškovej miestnosti. Zvyšok interiéru budovy tvoria pracovne a zázemie pre zamestnancov, vrátane knižnice a archívu. 

• Barak č. 4
Expozícia v tejto budove je zameraná na deportácie zo Slovenska do koncentračných a vyhladzovacích táborov mimo jeho územie. Pozornosť je venovaná zavraždeným Židom i tým, ktorým sa podarilo hrôzy holokaustu prežiť. Spomínaní sú aj záchrancovia Židov zo Slovenska, ktorí získali ocenenie Spravodlivý medzi národmi. Otvorená bola 16. 6. 2016. 

• Barak č. 3
Časť expozície Múzea holokaustu, ktorá sa venuje výstavbe a existencii pracovného a koncentračného tábora pre Židov v Seredi bola sprístupnená 9. 9. 2018. Predstavuje ideový zámer vybudovania tábora s jeho modelom a autentické predmety osôb súvisiacich s táborom. Scénicky zobrazuje pracovné dielne (stolárska, betonárska, zámočnícka, krajčírska) a ubytovacie priestory väzňov, školu pre väznené deti i kanceláriu vedenia tábora. 

• Barak č. 2
Pri príležitosti 75. výročia oslobodenia nacistického koncentračného tábora Auschwitz bola 11. 2. 2020 otvorená záverečná časť Stálej expozície Múzea holokaustu. Témou sú tábory, strediská a getá na celom území Slovenska vrátane okupovaných na južnom Slovensku.