Zbierkový fond múzea
Etnografické zbierky
Rozsahom najväčšia je kolekcia tradičnej odevnej a bytovej kultúry, ktorú tvorí takmer 38 tisíc predmetov. Jej základ tvorí tradičný mužský, ženský a detský odev prakticky zo všetkých oblastí Slovenska. Zároveň je zastúpený odev pre rozličné vekové skupiny, odevné súčasti na jednotlivé obdobia roka a tiež odev určený na rozmanité príležitosti. Zbierku ľudového odevu a odevných doplnkov dopĺňa textil vyrábaný, prípadne používaný v tradičnom prostredí na území celého Slovenska.
Ďalej je to takmer 19 tisíc predmetov, dokumentujúcich remeselnú a domácku výrobu s dôrazom na dedinské prostredie.
Z remesiel sú zastúpené najmä kovospracujúce a drevospracujúce remeslá (kolári, debnári, stolári, tesári, korytári ap.) a tiež remeslá závislé na poľnohospodárskej výrobe (garbiari, kožušníci, čižmári, remenári atď). Domácu výrobu zastupuje predovšetkým spracovanie rastlinných vlákien - ľanu a konope, domáce tkáčstvo a výroba súkna. Rozsiahla je kolekcia modrotlačových foriem. K vzácnym patrí zbierka tradičného medovnikárstva.
Samostatnú kolekciu predstavuje zbierka ľudovej keramiky, teda keramiky vyrábanej, prípadne používanej v tradičnom prostredí. Obsahuje takmer 10 tisíc predmetov, čím sa radí k jednej z najpočetnejších na Slovensku. Z hľadiska druhu pozostáva najmä z hrnčiarskych výrobkov (okolo 6 tisíc kusov) a z fajansy (vyše 3 tisíc kusov). Najvzácnejšia je habánska fajansa z 2. polovice 17. storočia.
Pomerne rozsiahla je aj zbierka duchovnej kultúry, ktorá dokumentuje predovšetkým tradičné kalendárne a rodinné zvykoslovie, tradičný spoločenský život a obecnú správu. Obsahuje vyše 8 tisíc predmetov. V kolekcii kalendárneho zvykoslovia dominujú masky, kraslice a betlehemy.
Cenná je kolekcia ľudových hudobných nástrojov a tiež zbierka tradičných detských hračiek.
V etnografickom fonde má svoje miesto aj oblasť agrikultúry so svojimi vyše 6 tisíckami predmetov. Dokumentujú tradičné spôsoby obrábania pôdy, pestovania a spracovávania jednotlivých poľnohospodárskych plodín, ako aj tradičné spôsoby chovu jednotlivých druhov hospodárskych zvierat.
K mimoriadne vzácnym patrí kolekcia ľudového umenia, ktorá obsahuje vyše 2 tisíc predmetov Pozoruhodná je tiež kolekcia ľudovej plastiky - či už tradičnej sakrálnej alebo súčasnej neprofesionálnej.
Osobitnú kolekciu predstavuje tradičná stavebná a bytová kultúra. K najvzácnejším patrí kolekcia maľovaných a vyrezávaných truhiel z 18., 19. a začiatku 20. storočia.
Archeologické zbierky
Archeologickej zbierke, ktorá obsahuje 18.600 inv. čísel, patrí v zbierkovom fonde SNM v Martine kvalitatívne veľmi významné miesto. Archeologické zbierky, uložené v SNM v Martine poskytujú pomerne ucelený obraz osídlenia Slovenska od paleolitu po 11. storočie. Zbierka obsahuje hlavne nálezy A. Kmeťa, veľkú zbierku z výskumov Š. Janšáka, súbor archeologických nálezov zozbieraných ďalšími členmi Muzeálnej slovenskej spoločnosti a pracovníkmi SNM, súkromné zbierky niektorých zberateľov, napr. K. Andela, P. Bujňáka, G. Turbu. Veľmi cenné a početné sú nálezy z výskumov V. Budinského - Kričku, reprezentujúce najmä lužickú kultúru, slovansko - avarské a slovanské obdobie. Múzeum vlastní jednu z najväčších zbierok bronzových pokladov najmä z Oravy a Liptova, z ktorých časť daroval múzeu M. Kubíny. Cenný je i strieborný poklad zo Zemianskeho Vrbovka zo 7. storočia. Zbierku uzatvárajú prírastky, získané v rokoch 1962 - 1997, najmä nálezy z lužického popolnicového pohrebiska, odkrytého v lokalite Martin - Sever a nálezy z dlhodobého výskumu zaniknutej stredovekej dediny Sebeslavce. Osobitné miesto v archeologickom zbierkovom fonde zaujímajú štátne deponáty Československého archeologického ústavu v Prahe a Štátneho archeologického ústavu v Martine.
Kultúrno-historické zbierky
Obsahom zbierky sú rôzne doklady písomného, fotografického, knižného charakteru, pamiatky, spájané s osobnosťami a udalosťami národných dejín doma i Slovákov žijúcich v zahraničí. Vybudovaná kolekcia historických reálií tak v súčasnosti predstavuje cenný fond vo vzťahu k poznaniu národných dejín, udalostí a osobností s nimi spojených, ktoré boli získané prevažne darom a pramene k dejinám Muzeálnej slovenskej spoločnosti a Slovenského národného múzea. Dnes predstavuje ojedinelý súbor výtvarných diel, ktoré tvorili základ prvej Národnej galérie slovenskej (r. 1933) v časovom rozhraní 14. až 20. storočia (maľba, plastika, grafika) a jedinečnú kolekciu umeleckých artefaktov remeselného charakteru, skla, keramiky, cínu, jednu z najväčších zbierok fajčiarskeho náčinia, historicky cenný súbor cechálií. K najcennejším patrí zbierka memorabilií - osobných pamiatok na cca 120 osobností našich národných dejín. K historickým klenotom patria napr. pamiatky na Ľ. Štúra, M. Kukučína, S. H. Vajanského, Fr. V. Sasinka, A. Kmeťa a ďalších. Najväčšou kolekciou je osobná pozostalosť M. R. Štefánika.
Fond národopisnej fotografie
Fond národopisnej fotografie sa stal špecializovanou zbierkou ikonického materiálu, ktorý dnes vytvárajú kolekcie fotografických umeleckých dokumentov Karola Plicku a ďalších autorov (J. Dvořák, F. Krasl, P. Socháň, K. Skřipský a i.). Tieto materiály sú spracovávané ako zbierkové predmety, ktorých počet dnes presahuje 13 500 položiek.